研究成果

査読付き論文

  • R. Yoshino, N. Yasuo, and M. Sekijima, "Identification of key interactions between SARS-CoV-2 Main Protease and inhibitor drug candidates", Scientific Reports, doi:10.1038/s41598-020-69337-9, 2020.
  • Y. Miyazaki, R. Nakayama, N. Yasuo, Y. Watanabe, R. Shimizu, D. M. Packwood, K. Nishio, Y. Ando, M. Sekijima, and Taro Hitosugi,"Bayesian statistics-based analysis of AC impedance spectra", AIP Advances, 10, 045231, doi:10.1063/1.5143082, 2020.
  • M. Sayama, A. Uwamizu, Y. Otani, A. Inoue, J. Aoki, M. Sekijima, and Tomohiko Ohwada, "Membrane Phospholipid Analogues as Molecular Rulers to Probe the Position of the Hydrophobic Contact Point of Lysophospholipid Ligands on the Surface of G-Protein-Coupled Receptor during Membrane Approach", Biochemistry, 59(11), 1173-1201, 10.1021/acs.biochem.0c00061, 2020.
  • S. Chiba, M. Ohue, A. Gryniukova, P. Borysko, S. Zozulya, N. Yasuo, R. Yoshino, K.Ikeda, W-H. Shin, D. Kihara, M. Iwadate, H. Umeyama,T. Ichikawa, R. Teramoto, K-Y. Hsin, V. Gupta, H. Kitano, M. Sakamoto, A. Higuchi, N. Miura, K. Yura, M. Mochizuki, C. Ramakrishnan, A.M. Thangakani, D. Velmurugan, M.M. Gromiha, I. Nakane, N. Uchida, H. Hakariya,M. Tan, H.K. Nakamura, S.D. Suzuki, T. Ito, M. Kawatani, K. Kudoh, S. Takashina, K.Z. Yamamoto, Y. Moriwaki, K. Oda, D. Kobayashi, T. Okuno, S. Minami, G. Chikenji,P. Prathipati, C. Nagao, A. Mohsen, M. Ito, K. Mizuguchi, T. Honma, T. Ishida, T. Hirokawa, Y. Akiyama, and M. Sekijima, "A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1", Scientific Reports, 9, 19585, doi:10.1038/s41598-019-55069-y ,2019.
  • S. Jemimah, M. Sekijima, and M. M. Gromiha, "ProAffiMuSeq: Sequence-based method to predict the binding free energy change of protein-protein complexes upon mutation using functional classification", Bioinformatics, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz829 ,2019.
  • R. Yoshino, N. Yasuo, M. Sekijima, "Molecular dynamics simulation reveals the mechanism by which the Influenza Cap-dependent Endonuclease acquires resistance against Baloxavir marboxil", Scientific Reports, doi:10.1038/s41598-019-53945-1, 2019. [pubmed]
  • N. Yasuo and M. Sekijima, "Improved Method of Structure-Based Virtual Screening via Interaction-Energy-Based Learning", Journal of Chemical Information and Modeling, 59 (3), pp. 1050-1061,DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00673 , 2019.
  • N. Yasuo, Y. Nakashima, and M. Sekijima, "CoDe-DTI: Collaborative Deep Learning-based Drug-Target Interaction Prediction", Proceedings of 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine, pp.792-797, doi.org/10.1109/BIBM.2018.8621368, 2018.
  • N. Yasuo, K. Watanabe, H. Hara, K. Rikimaru, M. Sekijima, "Predicting Strategies for Lead Optimization via Learning to Rank" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 11, pp.41-47, doi.org/10.2197/ipsjtbio.11.41 ,2018.
  • N. Arai, Y. Shunsuke, N. Yasuo, R. Yoshino, M. Sekijima, "Compound property enhancement by virtual compound synthesis", Journal of Bioinformatics and Computational Biology (In Proc. GIW2017), doi.org/10.1142/S0219720018400164, 2018.
  • N. Wakui, R. Yoshino, N. Yasuo, M. Ohue, M. Sekijima, "Exploring the selectivity of inhibitor complexes with Bcl-2 and Bcl-XL: a molecular dynamics simulation approach", Journal of Molecular Graphics and Modelling,  doi.org/10.1016/j.jmgm.2017.11.011, 2018.
  • S. Chiba, T. Ishida, K. Ikeda, M. Mochizuki, R. Teramoto, Y-h. Taguchi, M. Iwadate, H. Umeyama, C. Ramakrishnan, A. M. Thangakani, D. Velmurugan, M. M. Gromiha, T. Okuno, K. Kato, S. Minami, G. Chikenji, S. D. Suzuki, K. Yanagisawa, W-H. Shin, D. Kihara, K. Z. Yamamoto, Y. Moriwaki, N. Yasuo, R. Yoshino, S. Zozulya, P. Borysko, R. Stavniichuk, T. Honma, T. Hirokawa, Y. Akiyama, and M. Sekijima, "An iterative compound screening contest method for identifying target protein inhibitors using the tyrosine-protein kinase Yes",Scientific Reports, 7, doi:10.1038/s41598-017-10275-4, 2017. [pubmed]
  • R. Yoshino, N. Yasuo, Y. Hagiwara, T. Ishida, D. K. Inaoka, Y. Amano, Y. Tateishi, K. Ohno, I. Namatame, T. Niimi, M. Orita, K. Kita, Y. Akiyama, M. Sekijima, "In silico, in vitro, X-ray crystallography, and integrated strategies for discovering spermidine synthase inhibitors for Chagas disease", Scientific Reports, 7, doi:10.1038/s41598-017-06411-9, 2017.
  • C. Ramakrishnan, A. Mary Thangakani, D. Velmurugan, D. A. Krishnan, M. Sekijima, Y. Akiyama and M. M. Gromiha, "Identification of type I and type II inhibitors of c-Yes kinase using in silico and experimental techniques", Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, pp.1-11, doi:10.1080/07391102.2017.1329098, 2017.
  • S. Chiba, K. Ikeda, T. Ishida, M. Michael Gromiha,Y-h. Taguchi, M. Iwadate, H. Umeyama, Kun-Yi Hsin, H. Kitano, K. Yamamoto, N. Sugaya, K. Kato, T. Okuno, G. Chikenji, M. Mochizuki, N. Yasuo, R. Yoshino, K. Yanagisawa, T. Ban, R. Teramoto, C. Ramakrishnan, A. Mary Thangakani, D. Velmurugan, P. Prathipati, J. Ito, Y. Tsuchiya, K. Mizuguchi, T. Honma, T. Hirokawa, Y. Akiyama, M. Sekijima, "Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target", Scientific Reports, 5, doi:10.1038/srep17209 ,2015.
  • [pubmed]
  • R. Yoshino, N. Yasuo, D. K. Inaoka, Y. Hagiwara, K. Ohno, M. Orita, M. Inoue, T. Shiba, S. Harada, T. Honma, B. E. Oluwadae, R. J. Rodrigues, M. C. Alberto, K. Kita, M. Sekijima, " Pharmacophore Modeling for Anti-Chagas Drug Design Using the Fragment Molecular Orbital Method ", PLoS ONE, 10(5):e0125829, doi:10.1371/journal.pone.0125829, 2015. [pubmed]
  • N. Yasuo and M. Sekijima "Application for evaluating and visualizing the sequence conservation of ligand-binding sites", IPSJ Transaction on Bioinformatics, 8, pp.9-13, DOI:10.2197/ipsjtbio.8.9, 2015.
  • T. Udagawa and M. Sekijima, "GPU Accelerated Molecular Dynamics with Method of Heterogeneous Load Balancing", The 16th IEEE International Workshop on Parallel and Distributed Scientific and Engineering Computing (PDSEC 2015), pp.1008-1013, DOI 10.1109/IPDPSW.2015.41, 2015.
  • R. Nagarajan, S. Pankaj Chothani, C. Ramakrishnan, M. Sekijima, and M. M. Gromiha, "Structure based approach for understanding organism specific recognition of protein-RNA complexes", Biology Direct, doi:10.1186/s13062-015-0039-8, 2015. [pubmed]
  • Y. Hagiwara, K. Ohno, M. Orita, R. Koga, T. Endo, Y. Akiyama and Masakazu Sekijima, "Accelerating quantum chemistry calculations with graphical processing units - toward in high-density (HD) silico drug discovery", Current Computer-Aided Drug Design, 9, pp.396 - 401, doi: 10.2174/15734099113099990031, 2013. [pubmed]
  • R. Takano, M. Kiso, M. Igarashi, Q.M. Le, M. Sekijima, K. Ito, A. Takada and Y. Kawaoka,"Molecular mechanisms underlying oseltamivir resistance mediated by an I117V substitution in the NA of H5N1 avian influenza viruses", Journal of Infectious Diseases, doi: 10.1093/infdis/jis633, 2012. [pubmed]
  • S. Saito, K. Ohno, M. Sekijima, T. Suzuki, and H. Sakuraba,"Database of the clinical phenotypes, genotypes, and mutant arylsulfatase B structures in mucopolysaccharidosis type VI", J Hum Genet, doi:10.1038/jhg.2012.6, 2012. [pubmed]
  • T. Shinozaki, T. Iwaki, S. Du, M. Sekijima, S. Furui, "Distance-based Factor Graph Linearization and Sampled Max-sum Algorithm for Efficient 3D Potential Decoding of Macromolecules", IPSJ Transactions on Bioinformatics, 4, pp.34-44, 2011.
  • S. Du, T. Udagawa, T. Endo and M. Sekijima"Molecular Dynamics Simulation of a Biomolecule with High Speed, Low Power and Accuracy Using GPU-Accelerated TSUBAME2.0 Supercomputer,Proceedings of the Asia-Pacific Signal and Information Processing Association Annual Summit and Conference 2011 (APSIPA ASC 2011)", pp.1-5, 2011
  • T. Shinozaki, M. Sekijima, S. Hagihara, S. Furui"A Compact Speech Decoder Based on Pure Functional Programming", Proceedings of the Asia-Pacific Signal and Information Processing Association Annual Summit and Conference 2011 (APSIPA ASC 2011), pp.1-4, 2011.
  • 佐々木孝章、関嶋政和「タンパク質周囲の水分子の観測に基づいたリガンド結合部位予測システムの開発」FIT2011 第10回情報科学技術フォーラム講演論文集、pp.119-121, 2011
  • T. Udagawa and M. Sekijima, "The power efficiency of GPUs in multi nodes environment with molecular dynamics", In Proceedings of The 2011 International Conference on Parallel Processing Workshops, pp.399-405, doi: 10.1109/ICPPW.2011.43, 2011.
  • M. Kamada, M. Toda, M. Sekijima, M. Takata, K. Joe, "Analysis of motion features for molecular dynamics simulation of proteins", Chem. Phys. Lett., pp.241-247, 2011. [Science Dicrect]
  • T. Udagawa and M. Sekijima, "Energy Consumption of GPU with Molecular Dynamics ", In Proceedings of the 22th IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computing and Systems (PDCS 2010) , pp.40-44, 2010.
  • [ACTA Press]
  • K. Sugawara, S. Saito, M. Sekijima, K. Ohno,Y. Tajima, M.A. Kroos, A.J. Reuser, H. Sakuraba, "Structural modeling of mutant alpha-glucosidases resulting in a processing/transport defect in Pompe disease", J Hum Genet, 54, pp. 324-330, doi:10.1038/jhg.2009.32, 2009.
  • [pubmed]
  • S. Honda, T. Akiba, Y. Kato, Y. Sawada, M. Sekijima, M. Ishimura, A. Ooishi, H. Watanabe, T. Odahara, H. Kazuaki, "Crystal Structure of a Ten-Amino Acid Protein", Journal of the American Chemical Society, 130, pp.15327-31, 2008.
  • [pubmed]
  • J. Ikeda, K. Ohno, S. Akioka, M. Orita, Y. Muraoka, T. Noguchi, M. Sekijima, "Large Scale Computing for Protein-Protein Binding Free Energy Calculation", In Proceedings of the 2008 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2008), pp.771-775.
  • S. Tokunaga, K.Ikeda, S. Honda, Y. Sawada, Y. Muraoka,T. Noguchi, M. Sekijima,"State transition probability analysis of protein folding based on large scale molecular dynamics simulation", In Proceedingsof the 17th IASTED International Conference on Applied Simulation and Modelling (ASM2008), pp.164-169, 2008.
  • [ACTA Press]
  • M. Sekijima, J. Doi, S. Honda, T. Noguchi, and S. Shimizu, and Y. Akiyama, "Free Energy Landscape Analysis System based on Parallel Molecular Dynamics Simulation", IPSJ Transaction on Bioinformatics, Vol.48 No.SIG17(TBIO3), pp.30-39, 2007. [IPSJ Digital Courier]
  • S. Kimura, M. Sekijima, M. Takata, T. Noguchi, and K. Joe, "Development of Molecular Dynamics Simulation based Flexible Docking System", In Proceedings of the 2007 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2007), pp.739-745, 2007.
  • M. Sasaki, M. Sekijima, M. Takata, and K. Joe, "Optimization of Molecular Dynamics Simulation on Cell Processor", In Proceedings of the 2007 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2007), pp.780-786, 2007.
  • M. Nakazawa, M. Takata, K. Yokota, T. Noguchi, M. Sekijima, and K. Joe, "Dvelopment of SVM based Prediction System for Metalbinding Sites in Protein", In Proceedings of the International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2007), pp.972-978, 2007.
  • J. Doi, K. Shimizu, and M. Sekijima, "High-Density Surface Reconstruction of Fine Arts and Documents for Complete Reproduction and Counterfeit Detection", In Proceedings of the 2007 IEEE International Conference on Networking, Sensing and Control (ICNSC2007) , pp.392-397, doi: 10.1109/ICNSC.2007.372811 , 2007. [IEEE Explore]
  • M. Sekijima, J. Doi, T. Noguchi, and S. Shimizu,"Optimization and Evaluation of Parallel Molecular Dynamics Simulation on Blue Gene/L", In Proceedingsof the IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computer and Networks (PDCN2007), pp.257-262, 2007. [abstract]
  • M. Sekijima, C. Motono, S. Yamasaki, K. Kaneko, and Y. Akiyama, "Molecular Dynamics Simulation of Prion Protein by Large Scale Cluster Computing"Lecture Notes in Computer Science (LNCS), 2858, pp.476-485, Springer-Verlag, 2003.
  • M. Sekijima, C. Motono, S. Yamasaki, K. Kaneko, and Y. Akiyama, "Molecular dynamics simulation of dimeric and monomeric forms of human prion protein: Insight into dynamics and properties"Biophysical Journal ,85, pp.1176-1185, 2003.
  • M. Sekijima, S. Takasaki, S. Nakamura and K Shimizu, "Automatic Improvement of Scheduling Policies in Parsley Parallel Programming Environment" In Proceedings of the 14th IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computing and Systems (PDCS 2002) , pp.380-385, Cambridge, Massachusetts, USA, November 2002. [abstrat]
  • S. Takasaki, M. Sekijima, S. Nakamura, M. Ikeguchi and K Shimizu, "Scheduling Policy and Mechanism of Parsley, A Parallel Programming En vironment" In Proceedings of the 12th IASTED International Conference on Parallel and Distributed Comp. and Sys tems, pp.605-610, 2000.
  • 関嶋政和, 高崎慎也, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 「サブタスク間の依存関係に基づくスケジューリング機構を備えた並列プログラミング環境の開発」, 情報処理学会論文誌:プログラミング, Vol. 41 No.SIG 2(PRO 6), pp65-77.
  • M. Sekijima, S. Takasaki, S. Nakamura, M. Ikeguchi and K. Shimizu, "A Parallel Programming Environment with Dependence-Driven Task Scheduling in Distributed-Memory Multiprocessor Systems," In Proceedings of the ISCA 13th International Conference on Parallel and Distributed Computing Systems (PDCS-2000), pp.348-354, 2000.
  • M. Sekijima, S. Takasaki, S. Nakamura, M. Ikeguchi and K. Shimizu, "Parsley: a Scalable Framework for Dependence-Driven Task Scheduling in Distributed-Memory Multiprocessor Systems," In Proceedings of the eleventh IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computing and Systems (PDCS '99), pp.800-805, 1999.
  • T. Murata, M. Sekijima, H. Masaki, S. Nakamura, M. Ikeguchi and K. Shimizu, "Parallel Programming Environment with Dependence-Driven Subtask Scheduling: Design and Application to Molecular Dynamics Simulation," In Proceedingsof the second IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computer and Networks (PDCN'98), pp.650-653, 1998.

招待講演・依頼講演

  • 関嶋政和「AIとスーパーコンピュータによる創薬の現状と可能性」生物工学フォーラム、2019、東京
  • 関嶋政和「スマート創薬がAIと共に語りたい明日」 人工知能学会 第104回人工知能基本問題研究会(SIG-FPAI)、2017、小樽
  • 関嶋政和「スーパーコンピューティング、AI、Mixed Ralityによる創薬基盤の開発とスマート創薬への応用」第62回構造生物応用研究会、2017、東京
  • 関嶋政和「スマート創薬基盤としてのAI、スパコン、Mixed Realityとその応用」第24回 HAB研究機構 学術年会、2017、東京
  • 関嶋政和「スマート創薬による、新しいITと生化学実験の連携ススメ」バイオグリッド研究会2017〜AI、シミュレーション、システムバイオロジーと創薬〜 、2017、大阪
  • 関嶋政和「スマート創薬のススメ」ヘルスケアIT、2017、東京
  • 関嶋政和「スーパーコンピューティングが生体高分子に架ける夢ー大規模生体分子シミュレーションが可能にすること」、バイオスーパーコンピューティング研究会 第二回総会・講演会、2010、東京
  • M. Sekijima,"Application of HPC to the analysis of disease related protein and the design of novel proteins",Hardware and software for large-scale biological computing in the next decade, 2007, Okinawa
  • 研究会報告

  • 恵利川 大樹, 安尾 信明, 関嶋 政和, 「モンテカルロ木探索を用いた化合物誘導体生成手法の開発」, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO),2020-BIO-61(11),1-6 (2020-03-05) , 2020.
  • 五十嵐 広樹, 安尾 信明, 関嶋 政和「機械学習を用いた無機材料のバンドギャップ予測に関する研究」研究報告数理モデル化と問題解決(MPS),2020-MPS-127(22),1-5, 2020.
  • 小山 敦史,安尾信明,関嶋 政和「複合現実空間におけるSBDD支援のためのタンパク質可視化システムの開発」, 情報処理学会 研究報告バイオ情報学(BIO),2018-BIO-54(43),1-6 (2018-06-06) , 沖縄.
  • 吉野龍ノ介,安尾信明,萩原陽介,石田貴士,稲岡健,天野靖士,立石幸寛,大野一樹,生田目一寿,新美達也,折田正弥,北潔,秋山泰,関嶋政和「インシリコスクリーニング技術を用いた抗シャーガス病の治療薬探索」情報処理学会 研究報告バイオ情報学(BIO),2017-BIO-52(3),1-2 (2017-11-27),東京.
  • 坂本亘,関嶋政和「Mixed Realityによる創薬支援システムの開発と応用」情報処理学会 研究報告バイオ情報学, 2017-BIO-50 (43), pp.1-6, 2017, 沖縄.
  • 安尾 信明,渡辺 敬介,新井 直樹,関嶋 政和「機械学習を用いた創薬におけるリード化合物最適化経路の予測」情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), 2017-BIO-50 (32), pp.1-5, 2017, 沖縄.
  • 安尾 信明 , 関嶋 政和「相互作用エネルギーを用いたドッキングのポスト処理によるバーチャルスクリーニングの精度向上」情報処理学会 研究会報告,2015-BIO-44 (7), pp.1-5, 2015, 京都.
  • 新井 直樹 , 吉川 舜亮 , 安尾 信明 , 中嶋 悠介 , 吉野 龍之介 , 関嶋 政和「指向性を持って化合物の特性を進化させる仮想ライブラリの構築システムとそのwebサービス化 」情報処理学会研究会報告,2015-BIO-44 (6), pp.1-6, 2015, 京都.
  • 千葉 峻太朗 , 池田 和由 , 石田 貴士 , 大野 一樹 , 関嶋 政和「オープンイノベーションコンテストによるIT創薬」情報処理学会研究会報告, 2015-BIO-43 (3), pp.1-5, 2015, 横浜.
  • 吉川舜亮,安尾信明,吉野龍ノ介,関嶋政和「方向性を持たせたグラフ構造変換による仮想化合物ライブラリの構築の研究」情報処理学会研究会報告, 2015-BIO-41 (12), 2015, 札幌.
  • 安尾信明,関嶋政和「配列相同性に基づくタンパク質のリガンド結合候補部位の評価」情報処理学会研究会報告, 2014-BIO-38, 2014, 沖縄.
  • 吉川舜亮,石田貴士,関嶋政和,秋山 泰「Sparse k-mer graphアルゴリズムの評価とVelvetへの実装」情報処理学会研究会報告, 2013-BIO-34, 2013, 沖縄
  • 齊藤有紀,石田貴士,関嶋政和,秋山 泰「結合自由エネルギー予測を用いたクリアランス経路予測の改善に関する研究」情報処理学会研究会報告, 2013-BIO-34, 2013, 沖縄
  • 杉浦典和,石田貴士,秋山 泰,関嶋政和「de Bruijn GraphのPreGraphの分割によるVelvetの改良」情報処理学会研究会報告, 2012-BIO-32, 2012, 京都
  • 宇田川拓郎, 関嶋政和「CPU-アクセラレータ間の負荷分散による分子動力学法の効率化」情報処理学会研究報告, 2012-HPC-136, 2012, 沖縄
  • 杉浦典和, 石田貴士, 関嶋政和, 秋山泰「ハッシュテーブルの分割によるde novoアセンブリの改良」情報処理学会研究会報告, 2012-BIO-29, 2012, 沖縄
  • 佐々木孝章, 関嶋政和「水分子のダイナミクス解析によるタンパク質のリガンド結合部位予測システムの開発」情報処理学会研究会報告,2012-BIO-28, 2012,仙台
  • 猪瀬直人, 篠崎隆宏,杜 世橋, 古井貞熙, 関嶋政和「Slice Chain Max-Sumアルゴリズムによるタンパク質のポテンシャルエネルギー最小化に関する研究」情報処理学会研究会報告,2012-BIO-28, 2012,仙台
  • 篠崎隆宏, 岩木聡直, 杜 世橋, 関嶋政和, 古井貞熙「Distance based Graph Linearization and Sampled Max-sum Algorithm for Efficient 3D Potential Decoding of Macromolecules」情報処理学会研究会報告, 2011-BIO-26, 2011, 神戸
  • 佐々木孝章, 関嶋政和「水の情報エントロピーに注目したタンパク質のリガンド結合部位予測法の開発」情報処理学会研究会報告, 2011-BIO-25, 2011, 沖縄
  • 篠崎 隆宏, 関嶋 政和, 萩原 茂樹, 古井 貞煕 「純粋関数型言語を用いた超コンパクト音声認識デコーダの開発 」 情報処理学会研究報告, 2010-PRO-83, 京都 (3/16,17に神奈川県大和市で行われる予定のものが震災の影響で4/25, 26に京都で行われたもの)
  • 佐々木孝章, 関嶋政和「タンパク質内の水分子のダイナミクス解析によるリガンド結合部位予測」情報処理学会研究報告, 2010-BIO-23, pp.1-4, 2010, 福岡
  • 宇田川拓郎, 関嶋政和「GPUを用いた分子動力学法の高速化と省電力化」情報処理学会研究報告, 2010-HPC-127, 2010, 埼玉
  • 松崎 裕介, 大上 雅史, 松崎 由理, 佐藤 智之, 関嶋 政和, 秋山 泰「タンパク質の特性に基づくunboundドッキングのための剛体予測手法の改良」情報処理学会研究会報告, 2010-BIO-20, 2010, 金沢
  • 松崎裕介, 松崎由理, 関嶋政和, 秋山泰「分子動力学法に基づくタンパク質構造サンプリングとドッキング予測の改良」情報処理学会研究会報告, 2009-BIO-18, 2009, 札幌
  • 尾渡裕成、関嶋政和、秋山泰「フラグメントMO法によるノイラミニダーゼ阻害薬の結合性解析」情報処理学会研究会報告, 2009-BIO-18, 2009, 札幌
  • 木村紗知, 戸田幹人, 関嶋政和, 高田雅美, 野口保, 城和貴「タンパク質立体構造における時系列特徴抽出」情報処理学会研究会報告, 2009-MPS-73,pp.97-100, 2009, 沖縄
  • 中澤昌美, 高田雅美, 横田恭宣, 野口保, 関嶋政和, 城和貴「SVMを用いた生体分子への金属結合部位予測手法の提案」2009-MPS-73,pp.213-216, 2009, 沖縄
  • 徳永慎一, 関嶋政和, 村岡洋一, 野口保「確率的情報処理による生体分子の熱揺らぎ解析に関する研究」情報処理学会研究会報告, 2007-BIO-11,pp.275-280, 2007, 東京
  • 池田潤一, 関嶋政和, 村岡洋一, 野口保「分子動力学法を用いたタンパク質・リガンドの相互作用解析」情報処理学会研究会報告, 2007-MPS-67,pp.143-146, 2007, 東京
  • 関嶋政和, 土井淳, 本田真也, 野口保, 清水茂則, 秋山泰「大規模分子動力学シミュレーションによる自由エネルギー地形解析システムの開発」情報処理学会研究会報告, 2007-BIO-9,pp.63-70, 2007, 沖縄
  • 中澤昌美, 高田雅美, 横田恭宣, 野口保, 関嶋政和, 城和貴「SVMを用いた生体分子への金属イオン結合部位予測システムの開発」情報処理学会研究会報告, 2006-BIO-7,pp.157-164, 2006, 東京.
  • 木村紗知, 佐々木愛美, 関嶋政和, 高田雅美, 野口保, 城和貴 「熱揺らぎを考慮したDockingシステム開発」 情報処理学会研究会報告, 2006-BIO-7,pp.119-126, 2006, 東京.
  • 学会等発表

    2020年

  • 広川 貴次 関嶋 政和 田中 成典 中村 春木, AMED-BINDSにおける新型コロナウィルスに対するインシリコ drug repositioning, 第93回日本薬理学会年会, 2020年3月17日. 誌上発表(新型コロナウイルス感染症により誌上発表に変更)
  • 関嶋 政和, 深層学習による蛋白質・リガンド間結合予測手法の開発, 第93回日本薬理学会年会, 2020年3月18日. (新型コロナウイルス感染症により誌上発表に変更)
  • 2019年

  • G. Li, N. Yasuo, and M. Sekijima, "Focused Library Generative Model for GPCR Family" CBI学会2019年大会, 2019, 東京. 【Excellent Poster賞受賞】
  • M. Wan, N. Yasuo, and M. Sekijima, "Prediction of G4MP2-level Molecular Properties from DFT-level Structures Using Deep Tensor Neural Network" CBI学会2019年大会, 2019, 東京.
  • R. Yoshino, N. Yasuo, and M.Sekijima,"Investigation of drug resistance acquisition mechanism of influenza cap-dependent endonuclease against Baloxavir marboxil by molecular dynamics simulation" CBI学会2019年大会, 2019, 東京.
  • 宮崎 優, 安尾信明, 渡邊佑紀, 中山 亮, 清水亮太, 西尾和記, 安藤康伸, 関嶋 政和, 一杉太郎「ベイズ推定を用いた客観的な電気化学インピーダンス解析」電気化学会第86回大会, 2019, 京都.
  • 依田 洸, 安尾信明, 関嶋政和「ディープラーニングを用いたタンパク質 - リガンド結合予測手法の開発」日本薬学会第139年会, 2019, 東京.  【学生優秀発表賞(ポスター発表の部)受賞】
  • 小山敦史, 安尾信明, 関嶋政和「Mixed Realityを用いたタンパク質・リガンド立体構造可視化による医薬品設計支援システムの開発」日本薬学会第139年会, 2019, 東京.
  • 佐山美紗, 上水明治, 井上飛鳥, 青木淳賢, 関嶋政和, 尾谷優子, 大和田智彦「リゾリン脂質の疎水性部は膜受容体結合時にどこに位置するか」日本薬学会第139年会, 2019, 東京.
  • 依田 洸, 安尾信明, 関嶋政和「タンパク質ーリガンド結合におけるディープラーニングを用いた予測手法の開発」情報処理学会第81回全国大会, 2019, 福岡. 【学生奨励賞受賞】
  • 小山敦史, 安尾信明, 関嶋政和「Augmented Realityを用いたタンパク質・薬候補化合物の三次元構造可視化による創薬支援システムの開発」情報処理学会第81回全国大会, 2019, 福岡.
  • 宮崎 優, 安尾 信明, 渡邊 佑紀, 中山 亮, 清水 亮太, 西尾 和記, 安藤 康伸, 関嶋 政和, 一杉太郎「ベイズ統計を用いた客観的な電気化学インピーダンススペクトル解析」第66回応用物理学会春季学術講演会, 2019, 東京.

    2018年

  • N. Yasuo, K. Watanabe, N. Arai, H. Hara, K. Rikimaru, M. Sekijima, "A Concept of Automated Lead Optimization Method by Compound Property Enhancement and Learning to Rank" CBI学会2018年大会, 2018, 東京. 【Best Poster賞受賞】
  • 小山 敦史, 安尾 信明, 関嶋 政和, "Development of Mixed Reality-based Protein and Ligand Tertiary Structure Visualization System", CBI学会2018年大会, 2018, 東京.
  • 小山 敦史, 安尾 信明, 関嶋 政和「Mixed Realityを用いた蛋白質・リガンドの三次元可視化による創薬支援システムの開発」生命医薬情報学連合大会2018年大会(IIBMP2018), 2018, 鶴岡. 【優秀ポスター発表賞受賞】
  • 佐山美紗,井上飛鳥,青木淳賢,広川貴次,関嶋政和,尾谷優子,大和田智彦「脂質リガンドの GPCR への結合機構の解明のための誘導体合成と計算科学の融合研究」日本薬学会第138年会, 2018, 金沢.

    2017年

  • Naoki Wakui, Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Masahito Ohue and Masakazu Sekijima, "Exploring the selectivity of inhibitor complexes with Bcl-2 and Bcl-XL: a molecular dynamics simulation approach", 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017), 2017, 札幌. 【研究奨励賞受賞】
  • 渡辺敬介,安尾信明,新井直樹,関嶋政和「ランク学習を用いた創薬における化合物合成経路予測」情報処理学会第79回全国大会, 2017, 名古屋.
  • 安尾信明,関嶋政和「Random forestを用いたドッキング構造の学習によるバーチャルスクリーニングのポスト処理」情報処理学会第79回全国大会, 2017, 名古屋.
  • 坂本 亘,関嶋政和「Mixed Realityを用いたタンパク質構造描画システムの開発」情報処理学会第79回全国大会, 2017, 名古屋.
  • 安尾信明,関嶋政和「ドッキング構造の機械学習を用いた高精度なバーチャルスクリーニング手法の開発」日本薬学会第137年会, 2017, 仙台.
  • 渡辺 敬介,安尾信明,新井直樹,関嶋政和「機械学習を用いた化合物合成経路の予測」日本薬学会第137年会, 2017, 仙台.

    2016年

  • N. Yasuo and M. Sekijima,"Postprocessing protein-ligand docking based on the distance among interaction energy vectors", CBI学会2016年大会, 2016, 東京.
  • R. Yoshino, N. Yasuo, H. Kuroda, and M. Sekijima, "Drug repositioning for Chagas disease by docking simulation and in vitro assay", CBI学会2016年大会, 2016, 東京.
  • 安尾信明,関嶋政和「相互作用エネルギーベクトルの距離を用いたタンパク質-リガンド間ドッキングのリランキング」情報処理学会第78回全国大会, 2016, 東京.
  • 新井直樹,吉川舜亮,安尾信明,中嶋悠介,吉野龍之介,関嶋政和「化合物の物性を多段階のルール適用で薬様化合物に成長させるwebサービスの構築」情報処理学会第78回全国大会, 2016, 東京.

    2015年

  • Naoki Arai, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Shunsuke Yoshikawa, Yusuke Nakashima, Masakazu Sekijima「Construction of web services to evolve drug like properties of ligands」, CBI学会2015年大会, 2015, 東京.
  • S. Chiba, K. Ikeda, T. Ishida, K. Ohno, and M. Sekijima, "Open Innovation Approach to Computer-Aided Inhibitor Identification", CBI学会2015年大会, 2015, 東京.
  • N. Yasuo and M. Sekijima, "VISCO: visualization and evaluation tool for amino acid sequence conservation of ligand-binding sites", CBI学会2015年大会, 2015, 東京.
  • N. Arai, S. Yoshikawa, N. Yasuo, Y. Nakashima, and M. Sekijima, "Construction of web services to evolve drug like properties of ligands", CBI学会2015年大会, 2015, 東京.
  • 吉野龍ノ介, 安尾信明, 萩原陽介, 大野一樹, 生田目一寿, 折田正弥, 関嶋政和「分子動力学法を用いたアロステリックサイトの発見及び医薬品候補化合物の探索」, 第15回日本蛋白質科学会年会, 2015, あわぎんホール(徳島市).
  • 安尾信明,関嶋政和「タンパク質立体構造中のリガンド結合候補部位における配列保存性評価手法の開発」, 情報処理学会第77回全国大会, 2015, 京都. 【学生奨励賞受賞】
  • 宮津知美,安尾信明,関嶋政和「残基との相互作用エネルギーに基づくドッキングシミュレーション結果の絞り込み」, 情報処理学会第77回全国大会, 2015, 京都.
  • 吉川舜亮,安尾信明,吉野龍ノ介,関嶋政和,「多段階グラフ拡張による仮想化合物ライブラリ構築の研究」, 情報処理学会第77回全国大会, 2015, 京都.

    2014年

  • 千葉峻太朗, 萩原陽介, 大野一樹, 本坊和也, 折田正弥, 関嶋政和「Discovery of dengue virus protease inhibitors and their inhibitionmechanism through docking simulation」, 第55回日本熱帯医学会大会・第29回日本国際保健医療学会学術大会,2014, 東京. 【The Best Poster Presentation Award受賞】
  • Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Takashi Ishida, Yohsuke Hagiwara, Kazuki Ohno, Ichiji Namatame, Masaya Orita, Yutaka Akiyama and Masakazu Sekijima, "Exploration of drug candidate compounds for Trypanosomiasis via specially-desigined database and in silico screening techniques", 生命医薬情報学連合大会 2014, 2014, 仙台. 【連合大会研究奨励賞受賞】
  • R. Yoshino, N. Yasuo, Y. Hagiwara, K. Ohno, I. Namatame, M. Orita, M. Sekijima, 「Development of a novel anti trypanosoma drug」, CBI学会2014年大会, 2014, 東京. 【Excellent Poster賞受賞】
  • 杉浦典和,石田貴士,秋山 泰,関嶋政和「ハッシュテーブル及びde Bruijn Graphの分割による、ゲノム解析の消費メモリ量の低減, 情報処理学会第76回全国大会, 2014,東京. 【学生奨励賞受賞】

    2013年

  • 千葉峻太朗, 萩原陽介, 大野一樹, 折田正弥, 関嶋政和「分子動力学シミュレーションで探る阻害剤結合によって誘起されるdengue virusプロテアーゼの特徴的な構造」, 第54回日本熱帯医学会大会, 2013, 長崎.
  • 吉野龍ノ介, 安尾信明, 千葉峻太朗, 萩原陽介, 大野一樹, 折田正弥, 関嶋政和「FMO法を用いた抗dengue virus薬の創薬標的蛋白質と既知化合物間の相互作用解析」, 第54回日本熱帯医学会大会, 2013, 長崎.
  • 五十嵐学, 吉田玲子, 関嶋政和, 常盤広明, 喜田宏, 伊藤公人, 高田礼人 「計算科学手法を用いたインフルエンザウイルスヘマグルチニンと亜型間交差反応性抗体との分子間相互作用の解析」,第61回日本ウイルス学会学術集会, 2013, 神戸.
  • 冨士香奈, 関嶋政和, 藤崎弘士, 戸田幹人「生体分子の分子動力学に対する時系列解析-集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る-IV」,日本物理学会 2013年秋季大会, 2013, 徳島
  • T. Udagawa and M.Sekijima, "Efficient GPU-accelerated Molecular Dynamics Simulation with Load Balancing", GPU Technology Conference 2013, 2013, San Jose.
  • 冨士香奈, 関嶋政和, 藤崎弘士, 戸田幹人「生体分子の分子動力学に対する時系列解析-集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探る-III」,日本物理学会 第68回年次大会, 2013, 広島
  • 佐々木崇浩, 宇田川拓郎, 関嶋政和「GPUを用いたエネルギー計算の並列化によるドッキングシミュレーションの高速化」,情報処理学会第75回全国大会, 2013, 仙台

    2012年

  • T. Shinozaki, N. Inose, S. Du ,S. Furui, M. Sekijima, "Macromolecular Potential Energy Minimization Based on Slice-Wise Sampling and Max-Sum Algorithm", The 7th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics, 2012, Tokyo.
  • 冨士香奈, 関嶋政和, 藤崎弘士,戸田幹人「生体分子の分子動力学に対する時系列解析ー集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探るーII」, 日本物理学会 2012年秋季大会, 2012, 横浜
  • 冨士香奈, 関嶋政和, 藤崎弘士,戸田幹人「生体分子の分子動力学に対する時系列解析ー集団運動の揺らぎと構造変化の関係を探るー」, 第50回日本生物物理学会年会, 2012, 名古屋
  • N. Inose, T. Shinozaki, S. Du ,S. Furui, M. Sekijima, "Protein Potential Energy Minimization Using Slice Chain Max-Sum Algorithm",26th Annual Symposium of The Protein Society, 2012, San Diego.
  • T. Sasak iand M. Sekijima, "Development of Protein Ligand Binding Site Prediction System by Dynamics of Water Molecules", Biophysical Society 56th Annual Meeting, 2012, San Diego.

    2011年

  • 冨士香奈, 関嶋政和, 戸田幹人「分子動力学の時系列データ解析ー生体分子の複雑な動きの変化とその意味ー」, 日本物理学会 2011年秋季大会, 2011, 富山
  • 冨士香奈, 関嶋政和, 戸田幹人「分子動力学の時系列データ解析ー側鎖の構造変化と運動ー」, 第49回日本生物物理学会, 2011,兵庫
  • 佐々木孝章, 関嶋政和「タンパク質中の水分子の情報エントロピーによるリガンド結合部位予測」,第11回日本蛋白質科学会年会, 2011, 大阪
  • 宇田川拓郎, 関嶋政和「分子動力学法のマルチノード環境におけるGPUの電力効率の評価」,情報処理学会第73回全国大会, 2011, 東京
  • 佐々木孝章, 関嶋政和「情報エントロピーによるタンパク質のリガンド結合部位予測」,情報処理学会第73回全国大会, 2011, 東京
  • 尾渡裕成, 関嶋政和, 秋山泰 「タンパク質-リガンド間の結合性解析の自動パイプライン化」,情報処理学会第73回全国大会, 2011, 東京
  • 冨士香奈, 関嶋政和, 戸田幹人「分子動力学に関する構造変化と運動変化」,日本物理学会第66回年次大会, 2011, 新潟(震災の影響で中止、2011年3月3日から8月31日までwebで要覧を公開

    2010年

  • 篠崎隆宏, 関嶋政和, 萩原茂樹, 古井貞煕「柔軟でコンパクトな純粋関数型デコーダの検討」,日本音響学会2010年秋季研究発表会, 2010, 大阪
  • M. Sekijima, K. Misoo, K. Ohno, M. Orita"Binding Free Energy Analysis based on GPGPU cluster",24th Annual Symposium of the The Protein Society, 2010, San Diego

    2009年以前

  • S. Honda, T. Akiba, Y. Kato, Y. Sawada, M. Sekijima, M. Ishimura, A. Ooishi, H. Watanabe, T. Odahara, H. Kazuaki, " Crystal and Solution Structures of a Ten-Amino Acid Protein and Its Scale-Free Distribution in Structure Space" ,The 23rd Annual Symposium of The Protein Society, 2009, Boston
  • 関嶋政和、本田真也、野口保,「超並列計算機を用いた生体分子解析 −疾病関連蛋白質解析と世界最小蛋白質設計への応用−」,次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2007, 2007, 東京.(審査員特別賞受賞
  • M. Sekijima, C. Motono, Y. Akiyama, and T.Noguchi, "Free Energy Landscape Analysis of Prion Protein", 51th Biophysical Society Annual Meeting, 2007, Baltimore.
  • 関嶋政和,「大規模分子動力学シミュレーションによる生体分子の自由エネルギー地形解析」,首都圏バイオ・ゲノムベンチャーネットワーク「バイオ技術シーズ発表会, 2006, 東京.
  • M. Sekijima, C. Motono, Y. Akiyama, K. Kaneko, and T. Noguchi, "Molecular Dynamics Simulation of Prion Protein from Mouse, Dog, Cat, Pig, Sheep, Cattle, and Human: Insight into Property Differences", 50th Biophysical Society Annual Meeting, 2006, Salt Lake City.
  • 関嶋政和, 本野千恵, 秋山泰, 金子清俊, 野口保「プリオンタンパク質の分子動力学シミュレーションー生物種に渡る解析からー」, 第5回日本蛋白質科学会年会, 2005, 福岡
  • M. Sekijima, C. Motono, T.Noguchi, K. Kaneko, and Y. Akiyama, " Conformational transition of Prion Protein from its cellular form to the fibril form investigated by molecular dynamics simulations ", 49th Biophysical Society Annual Meeting, 2005, Long Beach
  • M. Sekijima, C. Motono, Y. Akiyama, K. Kaneko, and T. Noguchi ,"Dynamics Differences among Species of Prion Protein: Molecular Dynamics Simulation of Mouse, Dog, Cat, Pig, Sheep, Cattle, and Human", 19th Annual Symposium of the The Protein Society, 2005, Boston
  • M. Sekijima, C. Motono, T.Noguchi, K. Kaneko, and Y. Akiyama, "The Molecular Dynamics Simulation of Prion Protein, The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW2004), 2004, Yokohama
  • M. Sekijima, C. Motono, T.Noguchi, K. Kaneko, and Y. Akiyama, " Structural Changes in flexible region of the Prion Protein induced by P102L Substitution: Investigation through Molecular Dynamics Simulations",18th Annual Symposium of the The Protein Society, 2004, San Diego
  • M. Sekijima, C. Motono, T.Noguchi, K. Kaneko, and Y. Akiyama, "Molecular Dynamics Simulation of Wild-Type and Mutant Human Prion Protein: Effect of Pro102Leu", 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004), 2004, Yokohama
  • 関嶋政和, 本野千恵, 野口保, 金子清俊, 秋山泰「プリオンタンパク質の疾病関連遺伝子置換P102Lのダイナミクスに与える影響について」,日本生物物理学会第42回年会, 2004, 京都
  • 関嶋政和, 本野千恵, 山崎智, 金子清俊, 秋山泰「Human Prion Protein (Hu PrP) monomerとdimerの分子動力学シミュレーションによる解析」, 日本生物物理学会第41回年会, 2003, 新潟
  • M. Sekijima, C. Motono, S. Yamasaki, K. Kaneko, and Y. Akiyama, " Molecular Dynamics Simulations of monomeric and dimeric Human Prion Protein (Hu PrP) at normal and elevated temperature," 17TH SYMPOSIUM OF THE PROTEIN SOCIETY, 2003, Boston, MA
  • C. Motono, M. Sekijima, S. Yamasaki, K. Kaneko, and Y. Akiyama, "Differences in dynamics of dimeric and monomeric human prion protein revealed by molecular dynamics simulations," 11th International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2003, Brisbane, Australia
  • 関嶋政和, 本野千恵, 山崎智, 金子清俊, 秋山泰 「計算機シミュレーションによるプリオンタンパク質 Human Prion Protein (Hu PrP)のモノマー形態とダイマー形態のdynamicsに関する研究」, 第3回日本蛋白質科学会年会, 2003, 札幌
  • 関嶋政和, 高崎慎也, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 「計算環境に動的に適応するプログラミング環境の構築と並列分子動力学シミュレーションへの応用」, 日本生物物理学会第39回年会, 2001,大阪
  • 関嶋政和, 高崎慎也, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 「サブタスク間の依存関係に基づくスケジューリング機構を備えた並列プログラミング環境の開発」, 1999年 並列/分散/協調に関する「下関」サマーワークショップ(SWoPP下関'99), 情報処理学会 プログラミング研究会, 1999, 下関
  • 関嶋政和, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 「分子動力学法の並列化手法の開発」, 第50回タンパク質構造討論会 第11回日本蛋白質工学会年会(蛋白合同年会 横浜99), 1999, 横浜
  • 関嶋政和, 村田達也, 正木宏和, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 「分子動力学法の並列アルゴリズムの開発」, 日本生物物理学会第36回年会, 1998, 福岡
  • 関嶋政和, 村田達也, 正木宏和, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 「動的資源管理機能を備えた並列プログラミング環境の開発と分子動力学シミュレーションへの応用」, 第57回(平成10年後期)全国大会, 1998, 名古屋
  • 村田達也, 関嶋政和, 正木宏和, 宮田忠明, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎「サブタスク分割による分子動力学シミュレーションの並列化ーサブタスク間の依存関係を考慮した並列計算方式ー」, 情報処理学会第56回(平成10年前期)全国大会, 1998, 東京
  • 雑誌記事/査読無論文/その他

  • 仙石 慎太郎、関嶋 政和、伊波 興一朗、小野寺 玲子「 AI/ビッグデータ、ICTと医薬品 −知財・標準の側面から」日本知財学会誌 Vol.16 No.1 p.58-64 (2019-6-20)
  • 関嶋政和「スマート創薬によるAIと生化学実験の連携が拓く創薬」、CMC出版、AI導入によるバイオテクノロジーの発展(植田充美 監修)第4章4節, 2018年2月
  • 関嶋政和「オープンイノベーションによるIT創薬:コンテスト形式による薬剤候補化合物の探索 」情報管理、58、pp. 900-907、doi.org/10.1241/johokanri.58.900、 2016年3月
  • 関嶋政和「生体分子の機能を明らかにする網羅的シミュレーションの時代がやってきた」Bionics 2005年8月号
  • M. Sekijima, C. Motono, T.Noguchi, K. Kaneko, and Y. Akiyama, "The Molecular Dynamics Simulations of the Conformational Transition of Prion Protein from its Cellular Form to the Anomalous Form using the Earth Simulator",Annual Report of the Earth Simulator Center(平成15年度地球シミュレータセンターアニュアルレポート), pp171-174, 2004
  • 関嶋政和「プリオンタンパク質の分子シミュレーション」AIST TODAY 2003年8月号
  • 特許

  • 特願2019-015086「立体構造判定装置、立体構造判定方法、立体構造の判別器学習装置、立体構造の判別器学習方法及びプログラム」
  • 特願2020-063193「化合物生成装置、化合物生成方法、学習装置、学習方法及びプログラム」
  • design テンプレート