輪講風景
当研究室について
関嶋研究室は、機械学習やスーパーコンピューティングというような情報工学的な手法を用いた創薬や物質・材料の創出を目指しています。このような学問領域をケモインフォマティクスやマテリアルズインフォマティクスと言います。
ディープラーニングや生成モデル、大規模言語モデルなどの機械学習手法、スーパーコンピュータやバーチャルリアリティなど、様々な情報工学技術がケモインフォマティクスやマテリアルズインフォマティクスに求められています。
例えば、コンピュータを用いた創薬ではディープラーニングや分子シミュレーションを用いて疾病に関係するタンパク質(例えば、SARS-CoV-2の複製にかかわる3CL Protease)と化合物の立体構造の情報を用いて薬候補となる化合物を探索するSBDD(Structure Based Drug Discovery)の研究を行うだけでなく、モンテカルロ木探索や変分オートエンコーダを用いて化合物を生成する手法を開発することで標的タンパク質に結合する薬らしいこれまでになかった化合物を生成することを可能にしてきています。また、このような研究を支える情報科学の基礎研究についても行っています。
東京工業大学では2024年4月にTSUBAME4に、スーパーコンピュータを更新しますが、このような計算環境は研究を行う上で強みになっているほか、アプリケーションの高速化や、TSUBAMEを構成するCPUとGPUの負荷分散のようなHPC(High Performance Computing)の研究も進めており、タンパク質の立体構造予測プログラムAlphaFoldについてもプログラムの改善のpull requestを送ったりもしています。また、学内、他大学、国の研究所、産業界との交流を通じて活発な研究室運営を行っています。
研究室には、東工大の情報工学系出身者の他に、応用数学、有機合成の研究室や薬学部の出身者など幅広いバックグランドを持った学生が日々研究活動を行っています。興味を持った方はぜひ、ご連絡ください。
WHAT'S NEW
2024/1/9
関嶋研の学士特課研の配属のための研究室見学は1/12(金)と2/19(月)です(時間帯は系の学生向けwikiでご確認下さい。)。すずかけ台キャンパスJ3棟1816室までお越し下さい。この日時以外での見学希望は、メールか全学slackのDMでご連絡下さい。2023/10/26
CBI学会2023年大会、関嶋研修士1年の塩澤さんの発表"Study Improves Performance of Pocket Comparisons Using Machine Learning"が、 Excellent Presentation Awardsを受賞しプログラム委員長の医薬基盤・健康・栄養研究所 夏目 やよい先生からの賞状を頂きました。2023/9/4
LLM創薬チャレンジにおいて、関嶋研D2の中村さんとM1の鈴木君がそれぞれ1位と3位に入賞しました(詳細はこちら)。2023/3/4
情報処理学会第85回全国大会において鈴木敬将さん(B4)が「パレート最適化MCTSを用いたde novo分子生成手法の開発」の発表を行い学生奨励賞を受賞しました。
2023/1/9
関嶋研の学士特課研の配属のための研究室見学は1/13(金)と2/20(月)10:00-12:00, 14:00-16:00 です。すずかけ台キャンパスJ3棟1816室までお越し下さい。この日時以外での見学希望は、メールかslackのDMでご連絡下さい。2022/10/28
CBI学会2022年大会、関嶋研修士1年の小澤さんの発表"An Enhanced Machine Learning Models for Predicting Retrosynthesis Accessibility"が、 Excellent Presentation Awardsを受賞しプログラム委員長の東北大学教授 荻島 創一 先生からの賞状を頂きました。2022/6/30
2022年3月17日に藤田隼斗さん(B4)が情報処理学会ハイパフォーマンスコンピューティング研究会で発表した「タンパク質立体構造予測システムAlphaFoldのTSUBAME3.0上での高速化」により、情報処理学会2022年度コンピュータサイエンス領域奨励賞を受賞しました。2022/4/7
2021年度情報処理学会第69回バイオ情報学研究発表会における恵利川 大樹さん(M2)「任意の分子を出発点とするグラフベースの分子最適化手法の開発」と村田 翔太朗さん(M2)「機械学習を用いた蛋白質のリガンド結合部位の形状を考慮した3次元 形式の化合物の生成手法の開発」のベストプレゼンテーション賞受賞が決定致しました。2022/4/1
今年度も、よろしくお願い申し上げます。2022/3/3
情報処理学会第84回全国大会において恵利川大樹さん(M2)が「深層強化学習による任意の分子を出発点とした分子最適化手法の開発」の発表を行い学生奨励賞を受賞しました。2022/3/2
山本研究員が筆頭である「新型コロナウイルスの増殖に必須な酵素を阻害するペプチド様ではない新規化合物群を発見」についてのプレスリリースを行いました。論文はこちら。2021/4/3
関嶋研究室に配属が決まった学部・大学院の学生さんで関嶋研のslackに登録されていない方は、大至急 までご連絡ください。2020/11/30
関嶋政和准教授が経済産業省の令和2年度「情報化促進貢献個人等表彰」経済産業大臣賞を受賞しました。東工大プレスリリースはこちらです。写真:経済産業省の宗清皇一大臣政務官(左)から表彰状を授与される関嶋准教授
2020/8/20
新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)のメインプロテアーゼのウイルス複製機能阻害に重要なファーマコフォアのモデリングに成功しました。論文はこちら。プレスリリースはこちら。2020/4/1
関嶋准教授が科学技術創成研究院から情報理工学院に配置換になりました。2020/3/31
本日付でスマート創薬研究ユニットが廃止になりました。これまで、多くの皆様のご支援を賜りましたことに厚く御礼を申し上げます。2020/3/3
中日新聞 夕刊「効く既存薬探せ スパコンで作用解析」で関嶋研究室の研究が取り上げられました。2020/3/1
新型コロナウイルス治療薬探索を行うため、山本一樹医師が研究員として着任しました。2020/2/26
日経新聞新聞 ルポ迫真 “新型コロナ「難しい病気だ」 薬開発へAI活用 感染拡大を防げ(3)”で関嶋准教授の研究が取り上げられました。2019/11/19
関嶋が、東京工業大学 新技術説明会で「創薬の専門家の目を代替するAIの開発とその応用」と題して特願2019-015086について、その技術の説明を行いました。本技術を始め、Random ForestによるSIEVE-Scoreや3DCNNの創薬応用に興味のある企業の皆様は、メール等でのご連絡をお待ちしております。2019/10/23
修士2年のLi Gen君がCBI学会2019年大会で筆頭で発表を行った"Focused Library Generative Model for GPCR Family"が、Excellent Poster賞を受賞いたしました。2019/10/13
M2(開発時)の依田君を中心に開発が行われたディープラーニングによりメディシナルケミストのvisual inspectionを代替することを目的に開発が行われたVisINetについて、日本経済新聞朝刊に「医薬品候補 AIで選別 高効率、開発コスト抑制へ 東工大」という記事が掲載されました。2019/4/26
武田薬品工業と当研究室との共同研究について、4月26日号に「AI創薬アルゴリズム開発」東工大と武田が共同研究契約という記事が掲載されました。2019/4/22
M2(発表時)の依田君が今年3月の日本薬学会第139年会で行った「ディープラーニングを用いたタンパク質 - リガンド結合予測手法の開発」という発表が、学生優秀発表賞(ポスター発表の部)を受賞しました。696審査演題中84演題(受賞率 12.1%)が選ばれたそうです。2019/4/12
「武田薬品工業とAI創薬のアルゴリズム開発に関する共同研究を開始」というリリースを行いました。2019/3/25
D3安尾君が筆頭の論文"Improved Method of Structure-Based Virtual Screening via Interaction-Energy-Based Learning"が、アメリカ化学会論文誌Journal of Chemical Information and Modelingに掲載され、Supplymentaly Cover Artにも選ばれました。2019/3/15
情報処理学会第18回全国大会でM2依田君とM1小山くんが、それぞれ「タンパク質ーリガンド結合におけるディープラーニングを用いた予測手法の開発」「Augmented Realityを用いたタンパク質・薬候補化合物の三次元構造可視化による創薬支援システムの開発」というタイトルで発表を行い、依田君が学生奨励賞を受賞いたしました。2018/12/5
D3安尾君がスペインマドリードで12/3-6で開催されているIEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM)において、"CoDe-DTI:Collaborative Deep Learning based Drug Target Interaction Prediction"というタイトルで講演を行いました。