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Masakazu SEKIJIMA, Ph.D.

Associate Professor
School of Computing
Tokyo Institute of Technology

関嶋 政和 （せきじま まさかず）博士（農学）
情報理工学院　情報工学系 准教授

・情報処理学会　数理モデル化と問題解決研究会　主査
e-mail:


〒226-8501　横浜市緑区長津田町4259-J3-23
東京工業大学　J3棟18階1816号室
Tel: 045-924-5104 (秘書)

所属学会：IEEE, IEEE computer society, ACM, Biophysical Society, 情報処理学会, 日本生物物理学会、日本蛋白質科学会、日本バイオインフォマティクス学会 、CBI学会の正会員


略歴

2002年3月
2002年4月～2003年6月　
2003年7月～2007年3月　
2007年4月～2008年3月　
2008年4月～2009年3月　
2009年4月～2010年6月
2010年7月～2016年3月
2016年4月～2020年3月
2020年4月～現在

東京大学　大学院農学生命科学研究科　応用生命工学専攻　博士課程修了/　博士（農学）取得
独立行政法人　産業技術総合研究所　生命情報科学研究センター　分子情報科学チーム　産総研特別研究員
独立行政法人　産業技術総合研究所　生命情報科学研究センター　タンパク質機能チーム 研究員
独立行政法人　産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター　分子機能計算チーム　研究員
独立行政法人　産業技術総合研究所　企画本部　研究分野総括チーム　企画主幹
国立大学法人　東京工業大学　学術国際情報センター　国際共同研究分野　准教授
国立大学法人　東京工業大学　学術国際情報センター　大規模データ情報処理分野　准教授
国立大学法人　東京工業大学　科学技術創成研究院　スマート創薬研究ユニット　ユニットリーダー・准教授 国立大学法人　東京工業大学　情報理工学院　准教授

この間、
2006年9月～2007年3月
2007年4月～2010年3月
2008年4月～2009年3月　
2009年4月～2012年3月
2011年
2012年4月～2012年9月
2012年10月～2014年3月
を兼任

早稲田大学　理工学術院　客員助教授
早稲田大学　理工学術院　客員准教授
独立行政法人　産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター　分子機能計算チーム付
独立行政法人　産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター　センター付協力研究員
早稲田大学　理工学術院　招聘講師
独立行政法人　産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター　分子機能計算チーム付協力研究員
独立行政法人　産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター　情報基盤統合チーム付協力研究員

担当科目

  1. マテリアルズインフォマティクス
  2. 分子シミュレーション
  3. 生命システムデザイン

担当していた科目

  1. 情報基礎学第一 V3.4
  2. 情報基礎学第二 V3.4
  3. 情報基礎学 V-3,4 （5類1年生科目）
  4. 分子シミュレーション演習（大学院科目：櫻井教授と共同）

研究業績

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外部獲得資金

  1. 日本学術振興会 「令和2年度科学研究費補助金 基盤研究（A）（課題番号：20H00620）」2020年度-2024年度
  2. 日本医療研究開発機構 「創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業」2017年度-2021年度
  3. 日本学術振興会 「平成27年度科学研究費補助金 基盤研究（Ｂ）（課題番号：15H02776）」2015年度-2018年度
  4. 北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター「平成27年度一般共同研究課題」2015年度
  5. 日本学術振興会 「平成25年度科学研究費補助金 若手研究（Ｂ）（課題番号：25870222 ）」2013年度-2014年度
  6. 日本学術振興会 「平成24年度科学研究費補助金 基盤研究(Ａ)」（分担）（課題番号：24240044）2012年度-2016年度
  7. 北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター「平成24年度一般共同研究課題」2012年度
  8. 日本学術振興会 「平成24年度科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究」（分担）2011年度-2013年度
  9. 北海道大学情報基盤センター「平成22年度共同研究」 2010年度
  10. 文部科学省 「平成19年度科学研究費補助金 若手研究（Ｂ）（課題番号：19700279）」2007年度-2008年度
  11. 日本学術振興会 「平成18年度国際学会等派遣事業第Ⅲ期」2006年
  12. 財団法人内藤泰春科学技術振興財団 「平成16年度国際交流助成」 2004年
  13. 財団法人化学・バイオつくば財団 「国際研究集会発表参加旅費助成」 2003年

共同研究（大学とはデータの守秘義務に関係するもののみ契約、企業とは一部を除き非公表）

  1. 奈良女子大学　「金属イオンの生体分子結合予測に関する研究」　2006年 、2007年
  2. アステラス製薬株式会社「タイトル非公表」　2010年、2011年

担当修論

  1. 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系　依田　洸「タンパク質ーリガンド立体構造の画像化と機械学習による結合予測手法の開発」2017-2018年度
  2. 東京工業大学 情報理工学研究科 計算工学専攻 中嶋悠介「ニューラルネットワークと行列因子分解の組み合わせによる薬剤ー標的相互作用予測」2015-2017年度（9月）
  3. 東京工業大学 情報理工学研究科 計算工学専攻 安尾信明「相互作用エネルギーベクトル間の距離を用いたタンパク質-リガンド間ドッキングの精度向上に関する研究」2014-2015年度
  4. 東京工業大学 情報理工学研究科 計算工学専攻 吉川舜亮「多段階グラフ拡張による仮想化合物ライブラリの構築」2013-2014年度
  5. 東京工業大学 情報理工学研究科 計算工学専攻 杉浦典和「ゲノム解析におけるde novoアセンブリの消費メモリ量の低減」2012-2013年度
  6. 東京工業大学 情報理工学研究科 計算工学専攻 宇田川拓郎「異種並列環境における負荷分散に関する研究」2011-12年度
  7. 早稲田大学大学院　理工学研究科情報・ネットワーク専攻 徳永慎一 「確率的情報処理による生体分子の熱揺らぎ解析に関する研究」 2006-2007年度

担当卒論

  1. 東京工業大学 工学部 情報工学科 坂本亘「Mixed Realityを用いたタンパク質構造描画システムの開発」2016年度
  2. 東京工業大学 工学部 情報工学科　渡辺敬介「薬候補化合物の最適化における化合物合成順序予測指」
  3. 東京工業大学 工学部 情報工学科 新井直樹「仮想的な化学反応の適用によって至適化合物データセットを構築するwebサービスの開発」2015年度
  4. 東京工業大学 工学部 情報工学科 宮津知美「残基との相互作用エネルギーに基づくドッキングシ ミュレーション結果のリファインメント」2014年度
  5. 東京工業大学 工学部 情報工学科 安尾信明「タンパク質の薬剤結合候補部位における配列保存 性情報の可視化に関する研究」2013年度
  6. 東京工業大学 工学部 情報工学科 佐々木 崇浩「GPUを用いたドッキングシミュレーションの高速化」2012年度
  7. 東京工業大学 工学部 情報工学科 猪瀬直人「Slice Chain Max-Sumアルゴリズムによる タンパク質のポテンシャルエネルギー 最小化に関する研究」2011年度
  8. 東京工業大学 工学部 情報工学科 宇田川拓郎「分子動力学法のマルチGPU環境における電力効率の評価」2010年度
  9. 早稲田大学 理工学部 コンピュータ・ネットワーク工学科 池田潤一 「分子動力学法を用いたタンパク質・リガンドの相互作用解析」 2007年度
  10. 奈良女子大学 理学部 情報科学科 木村紗知 「熱揺らぎを考慮したFlexibility Dockingシステムの開発」 2006年度
  11. 奈良女子大学 理学部 情報科学科 佐々木愛美 「Cellプロセッサへの分子動力学法プログラムの実装」 2006年度
  12. 奈良女子大学 理学部 情報科学科 中澤昌美 「SVMを用いた生体分子への金属イオン結合部位予測システムの開発」 2006年度
  13. 早稲田大学 理工学部 コンピュータ・ネットワーク工学科 徳永慎一 「分子動力学法の高速化に関する研究」 2005年度

過去の委員など

  • 2013年4月−2017年3月　情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO) 主査
  • 2012年4月−2016年3月　情報処理学会「バイオ情報学研究会論文誌」編集委員長
  • 2009年4月−2013年3月　情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO) 幹事
  • 2009年4月−2012年3月　情報処理学会「バイオ情報学研究会論文誌」副編集委員長
  • 2005年4月－2009年3月　情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO) 運営委員
  • 2006年4月－2010年3月　情報処理学会「バイオ情報学研究会論文誌」編集委員
  • 2007年日本バイオインフォマティクス学会年会　組織委員
  • FIT2007 第6回情報科学技術フォーラム プログラム委員
  • 2008年4月－2010年3月　情報処理学会「数理モデル化と応用研究会論文誌」編集委員
  • FIT2008 第7回情報科学技術フォーラム 担当委員
  • The IASTED International Conference on　Parallel and Distributed Computing and Networks (PDCN 2009) International Program Committee
  • FIT2009 第8回情報科学技術フォーラム プログラム委員
  • The IASTED International Conference on　Parallel and Distributed Computing and Networks (PDCN 2010) International Program Committee
  • FIT2010 第9回情報科学技術フォーラム 実行委員
  • The International Conference on Bioinformatics (InCoB) 2010 Program Comittee
  • 情報処理学会　第73回全国大会 プログラム編成WG 委員
  • The IASTED International Conference on　Parallel and Distributed Computing and Networks (PDCN 2011) International Program Committee
  • International Conference on Computational Science (ICCS) 2011 Program Committee
  • 2010年4月－2011年11月　日本バイオインフォマティクス学会評議員
  • 2011年12月－2012年3月　日本バイオインフォマティクス学会理事
  • FIT2011 第10回情報科学技術フォーラム プログラム委員
  • 2010年4月－2012年3月　情報処理学会「バイオ情報学研究会論文誌」 副委員長
  • The International Conference on Bioinformatics (InCoB) 2011 Program Comittee
  • CBI/JSBi2011合同大会プログラム委員
  • "The 23rd IASTED Parallel and Distributed Computing and Systems ~PDCS 2011~"International Program Comittee
  • 2010年4月－2012年3月　情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO)幹事
  • FIT2012 第11回情報科学技術フォーラム プログラム委員
  • FIT2013 第12回情報科学技術フォーラム プログラム委員
  • International Conference on Computational Science (ICCS) 2012 Program Committee
  • The 24th IASTED Parallel and Distributed Computing and Systems ‾PDCS 2012‾ International Program Comittee
  • InCoB 2012 Program Committee
  • PRIB2012 Program Committee

    その他

  • 衛生工学衛生管理者
  • 2012年－現在　東京工業大学情報生命博士教育院運営委員
  • 2012年－現在　特定非営利活動法人　並列生物情報処理イニシアティブ(IPAB)理事
  • 2010年－現在　安全保障貿易管理WG委員（学内）
  • 2009年－現在　学術国際情報センター 広報専門委員会委員長（学内）
  • 2009年－現在　学術国際情報センター コンピュータシステム専門委員会委員（学内）
  • 2009年－現在　学術国際情報センター 共同利用専門委員会委員（学内）
  • 2009年－現在　学術国際情報センター 運営委員（学内）

    • おまけのおまけ？

    1. 「先進的かつ独創的な研究プロジェクトを、22.8Tflop/sのスーパーコンピューターが支援」PROVISION, 48, pp36-43, 200のインタビュー記事に出ています。

  • 過去に利用した計算機達（一部、現在も）


    地球シミュレータ@Earth Simulator Center
    (2004年3月現在では世界最速の計算機)


    magi cluster@CBRC
    （2001年12月時点の世界最速のNEC製PCクラスタ）


    AISTスーパークラスタ
    （2004年3月時点の国内最高の総演算性能を持つIBM製PCクラスタ）


    Blue Protein @CBRC
    (IBM BlueGene 22.0TFLOPS)

    上記計算機の性能比較の結果

    Blue Gene、magi(Pentium III 933MHzクラスタ)、ASC(Opteron 2GHzクラスタ)、ES（地球シミュレータ）の性能比較